頭皮屑的產生原因很多，最常見的因素是頭皮表面菌群的紊亂。皮膚不是一塵不染的，表面會有很多寄生的菌群。當這些菌群處在正常范圍內，皮膚就健康。頭皮也一樣，當表面的某些菌過多繁殖時，就會出現頭皮屑。另一方面，頭皮表面有保護膜，當這層保護膜被破壞(例如劣質洗發水、燙發水不小心接觸頭皮等)，也會出現頭皮屑。當然，內在因素也很重要，例如，某一段情緒緊張，工作很忙，這時頭皮表面的菌群以及頭皮的保護膜也會出現異常，引發頭皮屑。